Movable Type Newsにこんなエントリーが。

Movable Type 3.0以降にデフォルト・テンプレートとして含まれている、atom.xmlを生成するテンプレートをそのまま利用していると、2007年に入ってから再構築したときに内容が変わってしまい、ブログの購読者（あなたのブログのAtomフィードを購読している読者）の側で、未読ではない記事が未読として表示されてしまうなどの軽微な問題が起こる可能性があります。どのような問題が起こるか（あるいは起こらないか）は、購読者側のツールによる部分も多く、厳密には特定できていません。以下を参考に、修正をお願いします。

変更点はこちら

<id>tag:<$MTBlogHost exclude_port="1" encode_xml="1"$>,<$MTDate format="%Y"$>:<$MTBlogRelativeURL encode_xml="1"$>/<$MTBlogID$></id>

各ブログのテンプレート一覧から「Atom」を選択し、上記の<id>タグを探し、中身を次のように修正します。

<id>tag:<$MTBlogHost exclude_port="1" encode_xml="1"$>,2006:<$MTBlogRelativeURL encode_xml="1"$>/<$MTBlogID$></id>
※太字の部分が変更点

2006年中は現象が起こらない上に、
どういう不具合になるのかもクライアントソフト次第で分からないらしい。

普通はテンプレートを変更しても、
RSSやATOMのテンプレートは変えないだろうから、
MovableType3以降のユーザはほとんどこの不具合修正の対象になるんじゃないかな。
Jay's RoomもATOMフィードはデフォルトテンプレートから変更していないので、
不具合の修正をしておいた。